生物評論周報170期:Nature Genetics:開發出基因分型的新方法

 

1、Nature Genetics:開發出基因分型的新方法

 

2021年6月3日,來自牛津大學Robert W. Davies團隊在學術期刊《自然—遺傳學》發表了題為“Rapid genotype imputation from sequence with reference panels.”的研究結果,開發出基因分型的新方法。

 

開發出基因分型的新方法

Fig 1|Schematic of the QUILT model.

 

研究人員報道了QUILT,它使用低覆蓋率的全基因組序列數據執行二倍體基因型填充。QUILT采用吉布斯采樣將讀數劃分為母本和父本集,并使用大型參考面板促進快速單倍體填充。研究人員證明了這種劃分在許多兆堿基上是準確的,能夠實現接近理論極限的高精度插補,并且優于現有方法。此外,QUILT可以使用多種技術進行準確估算,包括來自Oxford Nanopore Technologies的長讀數,以及一種稱為haplotagging的低成本條形碼Illumina測序新形式,后者在低覆蓋率下顯示出更高的準確性。

 

相對于DNA基因分型微陣列,QUILT以更低的成本提供更高的準確性,特別是對于傳統上在現代基因組分析中應用不足的不同人群,并且在稀有SNP上的準確性幾乎翻了一番。最后,QUILT可以準確地推斷(四位數)人類白細胞抗原類型,這是第一個從低覆蓋率序列數據中提取的此類方法。

 

(評論:據了解,廉價的基因分型方法對現代基因組學至關重要。)

 

文章來源:

Robert W. Davies, Marek Kucka,?et al.?Rapid genotype imputation from sequence with reference panels,?DOI: 10.1038/s41588-021-00877-0 Nature Genetics,IF:25.455

 

2、Science:中樞神經系統邊界具有淋巴細胞生成的微環境

 

2021年6月3日,來自美國圣路易斯華盛頓大學Marco Colonna課題組在《科學》雜志上發表了題為“Heterogeneity of meningeal B cells reveals a lymphopoietic niche at the CNS borders”的研究成果,發現中樞神經系統(CNS)邊界具有淋巴細胞生成的微環境。

 

中樞神經系統邊界具有淋巴細胞生成的微環境

 

通過單細胞分析、共聚焦成像、骨髓嵌合體和異種共生實驗,研究人員表明腦膜B細胞來自顱骨局部,其中具有造血的骨髓微環境。B細胞通過專門的血管連接從顱骨到達腦膜。B細胞發育的這種顱骨-腦膜通路可能為CNS提供B細胞的持續供應(經過CNS抗原馴化)。

 

相反,研究人員發現在衰老小鼠腦膜中存在一類抗原馴化B細胞是血液來源的。這些結果鑒定了腦膜B細胞的一種隱蔽來源,這可能有助于維持中樞神經系統內的免疫豁免。

 

(評論:腦膜包含提供中樞神經系統免疫監視的適應性免疫細胞。這些細胞被認為來自于體循環。)

 

文章來源:

Simone Brioschi, Wei-Le Wang?et al.?Heterogeneity of meningeal B cells reveals a lymphopoietic niche at the CNS borders.?DOI: 10.1126/science.abf9277,?Science:最新IF:41.037

 

3、Science:發現參與DNA甲基化調控的下游分子

 

2021年6月3日,來自美國加州大學洛杉磯分校Steven E. Jacobsen及其研究團隊在《科學》發表了標題為“MBD5 and MBD6 couple DNA methylation to gene silencing through the J-domain protein SILENZIO”的研究成果,發現MBD5和MBD6通過J域蛋白SILENZIO將DNA甲基化與基因沉默結合。

 

發現參與DNA甲基化調控的下游分子

 

研究人員報道了兩種擬南芥甲基-CpG 結合域蛋白MBD5和MBD6,它們通過識別CG甲基化被招募到染色質,并在不影響DNA甲基化水平的情況下冗余地抑制一類基因和轉座子。這些甲基閱讀器招募了一種J結構域蛋白SILENZIO,它在功能喪失和功能獲得實驗中充當轉錄抑制因子。J 域蛋白通常作為HSP70的共同伴侶蛋白。事實上,研究人員發現SILENZIO的保守J域基序是其與HSP70相互作用及其沉默功能所必需的。

 

因此,這些結果揭示了分子伴侶J結構域蛋白在DNA甲基化下游的基因沉默中的新作用。

 

(評論:DNA甲基化與真核基因和轉座子的轉錄抑制有關,但基因沉默的下游機制在很大程度上是未知的。)

 

文章來源:

Lucia Ichino, Brandon A. Boone?et al,?MBD5 and MBD6 couple DNA methylation to gene silencing through the J-domain protein SILENZIO,?DOI: 10.1126/science.abg6130,?Science:最新IF:41.037

 

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