蛋白磷酸化研究數據庫,看這里!

 

磷酸化修飾具有簡單、靈活、可逆的特性,以及磷酸基團的供體ATP的易得性,是真核細胞中常見的調控手段。蛋白質的磷酸化和去磷酸化這一可逆過程,幾乎調節著包括細胞的增殖、發育、分化、細胞骨架調控、細胞凋亡、神經活動、肌肉收縮、新陳代謝及腫瘤發生等生命活動的所有過程。而隨著高通量蛋白組學技術的發展,研究者的研究過程中產生了海量的磷酸化組學數據,但是怎么樣分析利用這種龐大的數據是一個大問題,今天小編給大家介紹的這個數據庫完成了收集、整合的工作,可以為大家研究磷酸化信號通路提供幫助。

 

qPhos: http://qphos.cancerbio.info/

 

 

使用上,網站的用戶體驗還是不錯的,網站首頁提供快速搜索框。

 

在網站的Browse欄,用戶可以瀏覽不同實驗條件下、不同細胞株、不同基因的磷酸化信息。點擊其中一個就會自動搜索跳轉,展示結果,同時也可以在結果展示欄里添加條件過濾結果。

 

 

結果欄里包含蛋白在Uniprot的編號、基因名、磷酸化的氨基酸在蛋白中的位置、序列信息、樣本名、樣本類型、實驗條件、檢測方法、磷酸化差異結果及顯著性。每一個條件都可以進行過濾篩選。

 

 

點擊+號可以查看更多詳細信息:

Aboutexperiment欄是關于該位點結果的實驗信息。

 

 

Potential kinases and their inhibitors 欄是展示可能修飾該蛋白的蛋白激酶和這些激酶的抑制劑,抑制劑的信息是從Drugbank獲取的。

 

Sequence and structure欄展示蛋白的序列和結果信息,通過移動箭頭所指的灰色柱子的位置可以查看蛋白不同位置的信息,包括無序區域、二級結構和表面可及性。

 

 

About protein欄則包含了關于蛋白的其他各種信息

 

 

除了Browse欄,Search欄則提供了高級搜索模式,使用界面簡潔

 

 

作為數據庫的另一個亮點qKinAct,qPhos收集了所有已知與激酶活性相關的磷酸化位點,用戶可通過提交定量磷酸化蛋白組的數據,而得到激酶譜被激活的情況供用戶參考。使用時,用“*”表示被修飾的磷酸化位點。

這個數據庫對于研究磷酸化與疾病相關的研究者來說真是福音啊。

 

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