Metascape-基因功能分析網站

關于基因功能注釋(GO和KEGG之類的)已有介紹,大概大家最常用的工具是DAVID,但其更新速度一直被吐槽,太慢了~,今天給大家介紹一個非常好用的網站Metascape(http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1),更新更快,效果更好!

 

Metascape的數據不僅更新快,其覆蓋面也相當廣泛。從數據庫種類來說,Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多個權威的數據資源,使其不僅能完成通路富集和生物過程注釋,還能做基因相關的蛋白質網絡分析和涉及到的藥物分析,致力于為科研工作者提供每個基因全面而詳細的信息。

下面我們來介紹常用到的Metascape的基礎用法——Express Analysis

 

第一步:提交基因列表

 

首先上傳基因list,可以是文件,也可以直接復制粘貼到下面的框里,Metascape支持3種gene list提交格式,分別是Excel表格,CSV格式與TXT文本格式。(注意:如果想將不同的list分別進行分析,則一定要勾選最上方的【Multiple Gene List】選項,否則Metascape會將多個list整合成一個list一起分析。)

 

第二步:選擇物種信息

 

第三步:點擊【Express Analysis】,Analysis Report Page查收結果。

 

基因功能富集分析

 

基因信息注釋

 

 

基因功能聚類網絡圖

 

 

靈活的進階用法-Custom Analysis

 

前兩個步驟和Express Analysis是一樣的,只有在第三個步驟的時候,換成點擊右邊的Custom Analysis即可。

 

首先,第一個步驟是進行gene ID的轉換。雖然在輸入時,Metascape支持用戶以多種gene ID進行數據輸入,但是在實際處理過程中,不論用戶輸入什么類型的ID,都要先經過轉化變成相應的Entrez Gene ID,才能進入后續的分析步驟。在這一步,用戶可以根據自己的需求,對提交的基因進行初步篩選。

 

 

第二個步驟Annotation,用戶可以根據自己的需要,選擇自己感興趣的,想在結果中體現的基因注釋項目來進行勾選。勾選完成之后,點擊左上角的Apply按鈕運行。

 

 

第三步Membership,支持用戶自行選擇通路富集、生物過程富集、功能相關和產物分析等每一個注釋步驟所用到的數據集,并可以在搜索框中輸入感興趣的字段,比如GO中的某一個或某幾個term,或者一些功能性的描述,以便進行更有針對性地分析。

 

輸入完成感興趣的字段之后,點擊左側的Search按鈕進行查找,之后點擊左上方Apply生成這一步驟的結果。

 

最后一個步驟Enrichment,則支持用戶選擇通路和功能富集過程中的各項指標,以及蛋白質互作網絡形成過程中的各項指標。用戶可以根據自己的需求,來設定顯著性閾值,網絡中包含元素的最大或最小值,以及分析步驟中想用到的數據集等參數。

 

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目前評論:1   其中:訪客  1   博主  0

  1. avatar 小盆 0

    請問,大神,如何輸入基因序列?