飛行時間質譜(MALDI-TOF)法SNP分析(PCR),就選TERMIPol-DNA聚合酶

前情提示:

【1】高分辨率熔解曲線(HRM)分析預混Mix(PCR),用于基因篩查,點擊了解

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TERMIPol-DNA聚合酶 SNP

 

單核苷酸多態性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)主要指基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性,是人類可遺傳的變異中最常見的一種。SNP在人類基因組中廣泛存在,平均每500~1000個堿基對中就有1個,估計其總數可達300萬個甚至更多。SNP在CG序列上出現最為頻繁,而且多是C→T。

 

遺傳疾病診斷、致病候選基因研究、藥物篩選研究、分子標記輔助育種、群體遺傳研究等領域都會涉及到SNP分型分析。

 

SNP基因分型的常見方法有:

 

Taqman 探針法、SNaPshot法、飛行時間質譜MALDI-TOF MS)分型、HRM(高分辨率熔解曲線)分型等技術平臺。其中,基于時間飛行質譜(MALDI-TOF)完成的SNP檢測準確率可達99.9%,除了準確性高、靈活性強、通量大、檢測周期短等優勢外,最有吸引力的應該還是它的性價比。飛行時間質譜平臺(MALDI-TOF)是國際通用的基因單核苷酸多態性(SNP)的研究平臺,該方法憑借其科學性和準確性已經成為該領域的新標準。

 

 

為此,我們推薦使用Biogradetech的TERMIPol? DNA聚合酶,適合用于MALDI-TOF質譜法其他引物延伸平臺:

名稱 貨號
TERMIPol DNA Polymerase BGT-MPM-101
HOT TERMIPol DNA Polymerase BGT-MPM-103

* 如上TERMIPol DNA聚合酶產品均已通過了Bruker與 Agena BioScience平臺的驗證 ? ??

 

Agena?平臺為例:《MassARRA系統》

 

原理首先通過PCR擴增出含有SNP位點的一段DNA(SNP位點前后各50bp左右),然后用SAP酶去除掉PCR 體系中剩余的脫氧核糖核苷三磷酸(dNTP)和引物,然后加入一單堿基延伸引物,其3’末端堿基緊挨SNP位點,采用四種ddNTP替代dNTP。這樣,探針在SNP位點處僅延伸一個堿基,連接上的ddNTP與SNP位點的等位基因對應。用基質輔助激光解析電離飛行時間質譜(MALDI-TOF MS) 檢測延伸產物與未延伸引物間的分子量差異,確定該點處堿基。

 

實驗流程如下:

1、 PCR擴增含有目的SNP?的DNA序列,并通過純化去除未結合的dNTPs

2、 iPLEX單堿基延伸:純化后的PCR產物,針對每個靶點SNP設計一條延伸引物,在以ddNTPs為底物的體系中進行單堿基延伸,每個SNP的等位基因延伸產物僅為末端一個堿基的差異。

3、?純化,并將產物轉移到SpectroCHIP芯片上,進行質譜檢測,同一個SNP的等位基因由于分子量不同,形成不同的檢測峰而被區分。

已發表文章:

【1】Bormann, Felix Georg et al. “Epigenetic regulation of Amphiregulin and Epiregulin in colorectal cancer.”?International journal of cancer?144 3 (2019): 569-581 .

【2】Wilcke, Arndt et al. “The role of gene DCDC2 in German dyslexics.”?Annals of dyslexia59 1 (2009): 1-11 .

【3】Ikryannikova, L N et al. “A MALDI TOF MS-based minisequencing method for rapid detection of TEM-type extended-spectrum beta-lactamases in clinical strains of Enterobacteriaceae.”?Journal of microbiological methods?75 3 (2008): 385-91 .

【4】Sauer, Sascha et al. “Single-nucleotide polymorphisms: analysis by mass spectrometry.”?Nature Protocols?1 (2006): 1761-1771.

 

Biogradetech成立于2015年,總部位于美國加利福尼亞州,早期以產品技術研發服務起家,逐步發展了廣泛的產品線,并將其商業化銷售,包括蛋白質、抗體、酶、培養基、試劑盒和儀器。適用于細胞生物學、蛋白質組學、分子生物學、免疫學、微生物學、診斷學、生物化學、神經科學、血液分析和高通量藥物篩選等領域。

 

 

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