外泌體數據庫,這些你都用過嗎?

1983年,外泌體被人類發現,當時被認為是是細胞廢棄物而未受關注,2013年,諾貝爾生理學或醫學獎授予了在細胞內囊泡(外泌體)運輸調控機制領域作出重要貢獻的三位科學家,將外泌體相關研究的熱度推向高潮。由于在臨床上的巨大應用價值,近幾年外泌體成為科研熱點,相關論文發表數量呈爆炸式增長,2017年外泌體相關SCI論文多大2000篇,2018年僅上半年相關SCI論文就達到近1500篇。

 

過去四年來,國自然項目中,外泌體的中標項目飆升,成為國自然“寵兒”,今天為就來介紹幾個個查詢檢索外泌體內容物的數據庫,下面這些你都用過嗎?

exoRBase

數據庫網址:http://www.exoRBase.org

 

人類血液外泌體的RNA-seq數據分析的circRNA、LncRNA和mRNA的存儲庫,還包括已發表文獻的實驗驗證。exoRBase對標準化RNA-seq數據的RNA表達譜進行了整合和可視化,數據涵蓋了正常個體和不同疾病患者。exoRBase數據庫收集和描述人類血液外泌體中所有長的RNA,目前包含58330個circRNA、15501個LncRNA18333個mRNA,提供了注釋、表達水平和可能的來源組織,數據庫將定期更新,提供更多的外泌體RNA信息。

EVpedia

數據庫網址:http://student4.postech.ac.kr/evpedia2_xe/xe/

 

 

 

EVpedia數據庫是由韓國項浦大學舉辦,2012年1月27日發布,共包含高通量研究168例,高通量數據263個,分子數據172080個,文獻6879篇,主要調查中3336人;匯總了不同囊泡研究(包括外泌體)中發現的蛋白,mRNA,miRNA,脂類,代謝產物;除此之外,其還提供一款分析工具,可用于如檢索和瀏覽囊泡成分、Gene Ontology富集分析、囊泡蛋白和mRNA的網絡分析,同時,胞外囊泡研究的相關文獻在本數據庫中列出。 

Vesiclepedia

數據庫網址:http://microvesicles.org/index.html

 

 

Vesiclepedia,一個胞外囊泡分子數據(脂質、RNA和蛋白質)的手工檢索工具庫,目前包含來自于過去一些年份文獻中發表的341個獨立研究的35264個蛋白,18718個mRNA,1772個miRNA、342個脂質條目,還可以根據物種、囊泡、分子和樣品類型瀏覽和檢索,最新更新時間為2015年1月1日。

 

ExoCarta

數據庫網址:http://exocarta.org/index.html

 

ExoCarta

 

ExoCarta是一個開放的平臺,主要關于外泌體蛋白、RNA、脂質體的手工數據庫,收錄了包括人、大鼠、小鼠、綿羊、豚鼠、果蠅、馬、穴兔、牛、在內的幾個物種的286個研究結果;涉及到不同組織器官來源的外泌體中的蛋白,mRNA,miRNA,脂類等信息,該數據庫已經被超過16000名獨立研究人員使用,最新更新時間為2016年09月12日。

Vesiclepedia收錄其它囊泡的信息相比,ExoCarta數據庫只收錄了外泌體中的分子信息,不過也有一些獨特的信息,比如lncRNA:

 

 

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