Cytoscape:玩轉炫酷的網絡通路圖

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網絡分析工具不僅可以便捷直觀的看到基因之間的關系和功能,也可以組和組之間的聯系,其中今天向大家推薦的是Cytoscape,童鞋們不會編程或者是懶于用R去做網絡通路圖的都很適合,而且Cytoscape支持的網絡種類很多。比如蛋白互作(PPI)、轉錄調控網絡圖(TF-target)、網絡聚類模塊分析(Module)、miRNA調控靶標基因網絡圖、競爭性內源RNA網絡(ceRNA)、通路交互網絡(pathway-crosstalk),文章引用量非常多。

 

首先我們進入官網(http://www.cytoscape.org/)下載并安裝 cytoscape 軟件。點擊“Download”下載與操作系統匹配的版本,安裝按照提示操作即可。(如圖1)也可以使用網絡可視化的js版,在瀏覽器和手機上都可以使用,主要是用Extrensions拓展。

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cytoscape網絡可視化的js版

圖1

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Cytoscape網絡分析

 

1、創建網絡,可以是R或者是Excel文件

 

2、導入數據文件,Cytoscape支持多種數據文件格式有sif格式、xgmml格式,txt格式(用tab分割的純文本文件)如圖2

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Cytoscape網絡分析

圖2

 

導入數據文件network table在網絡圖中作為線存在,為連接nodes;導入的節點屬性文件node attributes中第二列的mutation信息,作為node color;節點屬性文件node attributes中第三列expression信息,作為node size

 

3、設置網路要素:點node、線edge

 

默認的節點和邊的顏色不怎么好看,可以通過左側的 Control Panel 進行修改。左 下角的“Node”,“Edge”“Network”按鈕分別可以修改節點、邊以及網絡整體的屬性。如圖3

 

設置網路要素:點node、線edge

圖3

 

一般如果節點比較多的時候,節點之間很容易堆疊,可以通過鼠標左鍵選中某個 節點,對其進行拖動,使之達到較為理想的效果。

 

4、導出網絡圖

 

最后通過 File--Export--Network View as Graphics 導出成(table格式)以及圖片(pdf等格式 )。

 

如果對圖片不是很滿意,下次還想接著再修改,那么可以將已編輯好的圖片導出 成 XGMML 格式的文件,下次想編輯的時候用上面同樣的方法打開即可修改。

 

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