14個circRNA專用數據庫,讓你對circRNA了如指掌!

今天為大家安利針對circRNA研究14大數據庫,從基礎研究到臨床樣本,涉及腫瘤和非腫瘤疾病數據,全方位武裝頭腦,讓你對circRNA了如指掌!

 

1、TSCD數據庫

TSCD數據庫,全名Tissue-SpecificCircRNA Database,組織特異性的circRNA數據庫,數據庫特點為“組織特異性”,數據庫網址為 http://gb. whu. edu. cn/TSCD/。該數據庫提供了人類和小鼠主要組織中組織特異性cir cRNA 的全局視圖,并有助于識別器官發生和發育相關疾病的新型標志物。

目前大多數研究 circRNA 的數據庫采用的算法都是用來鑒定 circRNA 分子的TSCD 數據庫在整個轉錄組水平上鑒定并明確了人類成人和胎兒組織以及小鼠組織中 circRNA的特征和功能。T5CD 數據庫從 ENCODE 以及 GEO 數據庫中共收集了 16 種人類成人組織。

 

2、CSCD數據庫

為明確癌癥特異性的 circRNAs (cancer-specific circRNAs, CS-circRNAs) ,CSCD 數據庫使用了四種算法來識別circRNA的反向剪切位點,其中任意一種算法檢測到反向剪切位點即被納入到數據庫中:

1.CIRI2

2. find circ

3. circRNA_finder

4.Circexplorer

CSCD 數據庫較于其他circRNA 數據庫有一個較為明顯的改進,就是同時提供了GRCh37 ( hg19)及GRCh38 (hg38)的基因注釋信息,避免了用戶另外再進行轉換的麻煩,畢竟目前大多數數據庫使用的都是hg19,而測序公司給的數據以 hg38居多,CSCD數據庫從癌癥細胞系中共收錄了443061條circRNA,并進一步將其與正常細胞系中鑒定的1 121871條 circRNA 進行比較,最后得到272152條腫瘤特異性circRNA。這些CS-cincRNA中,共有119 887條位于外顯子區域,105 398條位于內含子區域,31 575位于基因間區域。CSCD數據庫同時發現了許多其他數據庫尚朱收錄的cincRNA。

 

3、circRNADb數據庫

circRNADb是一個綜合性的circRNA信息查詢數據庫,收集文獻中報道的circRNA相關數據集加以分析。由于原始數據集可能存在假陽性(circRNA兩端的序列來自不同基因)和信息冗余,開發者使用GTF 文件對其進行了篩選,共得到 32,914個人類外顯予eircRNA,并列出了其詳細的基因組信息,包括最匹配的轉錄本和相應的外顯子剪接信息、基因組序列,以及所有可能的剪接異構體和相應的外顯子剪接信息。開發者還注釋了具有蛋白質編碼潛力的c ircRNA 的IRES 序列元件以及開放閱讀框(ORF),并提供了其蛋白質表達的質譜學證據。此外,cincRNA翻譯的蛋白質的特性,包括結構域、N-糖基化位點、粘蛋白0-糖基化位點以及磷酸化位點也在數據庫中有所展示。

 

4、Circinteractome數據庫

Circinteractome數據庫全稱:Circular RNA Interactome,網址為:https://circinteractome.nia.nih.gov/,功能特點:(1)探索circRNA與RBP的潛在相互作用,(2)設計特異性趨異引物以檢測circRNA,(3)研究組織和細胞特異性circRNA,(4)鑒定基因特異性circRNA,(5)探索與circRNA相互作用的潛在miRNA,以及(6)設計特異性siRNA以沉默circRNA。

 

5、Kaplan-meier Plotter數據庫

Kaplan-meier Plotter數據庫基于GEO、EGA以及TCGA 等公共數據庫的基因芯片和 RNA-seq數據構建而成,評估了54,675個基因在21種癌癥中對于生存率的影響,包括乳腺癌(6234例)、卵巢癌(2190例)、肺癌(3452例)和胃癌(1440例)。Kaplan-meier Plotter 數據庫通過整合基因表達信息以及臨床預后價值進行Meta分析以及生存相關分子標志物的研究、發現以及驗證。

 

6、circBank數據庫

circBank數據庫于2018年7月正式上線,是由廣州密碼子基因科技公司主持開發的針對人circRNA 的綜合性數據庫。circBank一共收錄了140790條不同來源的人c ircRNA 的注釋信息,并結合每一條circRNA的宿主基因名稱,轉錄起始和終止位點提出了一個全新的circRNA命名伴系。cincBank除了可以顯示 circRNA諸如染色體定位,宿主基因等基本信息,還提供了許多新功能,如預circRMA結合的靶miRNA (miRanda&Targetscan)及結合位點,circRNA編碼蛋白的潛能,保守性分析(人和小鼠),突變位點注釋,m6A甲基化修飾以及IRSS位點預測。

 

7、circR2disease數據庫

與circRNA disease數據庫類似,circR2disease數據庫通過在 Pubmed中檢索”circRNA", "circular RNA" , " circRNA cancer","circRNA disease" ," circRNAtumor"以及"circRNA meoplasm"等關鍵詞,手動收集并整理了2018年3月31日之前發表的論文,最終得到了739個條目,包括725個circRNA—疾病關系對,661個circRNA以及100種疾病。條目里的信息包括circRNA的名稱,坐標,宿主基因的名稱,疾病的名稱,circRNA的表達模式(上調/下調),通過何種實驗技術檢測到的(qRT-PCR,RNAi,northern blot, western blot,以及熒光素酶報告基因實驗)以及文獻中關于該circRNA的簡要說明及出版年份等。同時,相關條目還提供了指向circBase,MalaCards 以及 NCBI Pubmed ID等數據庫的超鏈接。

 

8、MioncoCirc數據庫

MioncoCirc數據庫網址為https://mioncocirc.github.io/,進入數據庫主頁面。功能有四個部分:"Home","Download Data" , "Query Data”, " About Us"”。在"Home"模塊,介紹了研究團隊借助 MiOncoCirc數據庫已發表的成果。下方的三張圖片總結為四個詞"PansCancer",“Capture Sequencing",“Biomarkers”,“rt-circRNAs",反映了MiOncoCirc數據庫最大的四個亮點。

 

9、TransCirc數據庫

TransCirc數據庫,是研充circRNA編碼小肽的數據庫。

 

10、CircAtlas數據庫

circAtlas數據庫,綜合了我們既往講過的所有circRNA 數據庫相關的內容,包括結合miRNA,結合RBP,circRNA 編碼小肽,疾病相關性,組織特異性,物種多樣性,甚至還有ID轉換的功能。更值得關注的是circAtlas數據庫通過構建circRNA—miRNA/RBP/mRNA網絡對circRNA的功能進行了GO/KEGG富集。

 

11、TRCirc數據庫

TRCirc數據庫,TR即 transcriptional regulation,跟轉錄調控有關。

 

12、circpedia數據庫

circpedia數據庫的特色在于其通過分析GEO, ENCODE 以及 EMBL-EBl等數據庫的185個 RNA-seq數據集,一共涵蓋了人、小鼠、大鼠、斑馬魚、果蠅以及線蟲等6個物種,并通過LiftOver分析了人和小鼠circRNAs序列的保守性。網址 http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia,主頁上面導航欄包括"Search”,"Browse","Download","Tool","About"以及右側的"CIRCpedia v1"。頁面中央顯示了circpedia v2數據庫所收集的各個物種的 RNA-seq數據集以及circRNA的數量。

13、exoRBASE數據庫

exoRBASE數據庫網址 http://www.exorbase.org/ 可見數據庫簡介,該數據庫基于歸一化處理的人類血液外泌體RNA-seq數據和已發表文獻數據進行整合,旨在表征人類血外泌體中circRNA、lncRNA和 mRNA表達及可視化結果、功能注釋和可能的組織來源信息,識別血液外泌體分子標記,為疾病循環標志物的發現和功能預測研究提供便利。

 

14、circRNADisease數據庫

cirCRNADisease數據庫善于800多篇報道circRNA與疾病相關的文獻,收集了330circRNA與48種疾病之間的354對相互聯系,其中腫瘤相關疾病占54%,心血管和腦血管相關疾病占27%。

 

 

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