《Cell》:三分鐘速讀精彩文獻

 

1.Molecular CellFTO介導RNA的各種去甲基化

 

發現的第一個RNA去甲基化酶FTO介導內部N 6 - 甲基腺苷(m 6A)和N 6,2 O-二甲基腺苷(m 6A m)在mRNA的5'帽的+1位置的去甲基化。?在這里,芝加哥大學的何川研究組證明FTO的細胞分布在不同細胞系之間是不同的,影響FTO對不同RNA底物的接近。?他們發現FTO結合多種RNA種類,包括mRNA,snRNA和tRNA,并且可以使mRNA內部m 6A和cap m 6A m去甲基化,U6 RNA內部m 6A,snRNA中內部和帽6 m m,以及N 1 tRNA中的甲基腺苷(m 1A)。?FTO介導的去甲基化對具有內部m 6A的mRNA的轉錄水平的影響大于在測試細胞中具有cap m 6A m的mRNA的轉錄水平。?他們還表明FTO可以通過催化m 1A tRNA去甲基化直接抑制翻譯。?總的來說,FTO介導的RNA去甲基化發生在mRNA和snRNA中的m 6A和m 6A m以及tRNA中的m 1A。

 

Cell,去甲基化

Research summary

 

From Molecular Cell,Differential m6A, m6Am, and m1A Demethylation Mediated by FTO in the Cell Nucleus and Cytoplasm.

DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2018.08.011?

 

?2.蛋白質條形碼實現單細胞水平的CRISPR Screen

 

?CRISPR池被廣泛用于鑒定基因功能。然而,利用DNA作為條形碼的現有技術允許有限的表型分析和體細胞分辨率。為了實現新穎的篩選功能,本研究開發了一種在蛋白質水平上運行的條形碼系統。研究者合成了編碼線性表位的三聯體組合的模塊,以產生> 100個獨特的蛋白質條形碼(Pro-Codes)。將表達Pro-Code的載體引入細胞中并通過CyTOF質譜法分析。僅使用14種抗體,他們檢測到364個Pro-Code群體;建立最大的蛋白質記者集。通過將每個Pro-Code與不同的CRISPR配對,他們同時分析了數十種敲除的多種表型標記,包括磷酸化信號。?Pro-Code / CRISPR篩選發現兩個干擾素刺激的基因,即免疫蛋白酶體組分Psmb8和伴侶蛋白Rtp4,對于癌細胞的抗原依賴性免疫編輯是重要的,并且將Socs1鑒定為Pd-l1的負調節物。?Pro-Code技術可以同時對單細胞分辨率的100個基因進行高維蛋白質水平表型分析。

 

CRISPR,蛋白質條形碼

 

Figure 1 Single-Cell Analysis of 120 Pro-Code-Expressing Populations.

 

Frome?cell: Protein Barcodes Enable High-Dimensional Single-Cell CRISPR Screens

https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.09.022

 

3.CRISPR-Cas引物采集復合物單分子表征

?

CRISPR-Cas系統賦予針對病毒的適應性免疫。在病毒注射后,Cas1-Cas2將病毒基因組的區段(間隔區)整合到CRISPR基因座中。在I型CRISPR-Cas系統中,有效的“引發”間隔物獲得和病毒降解(干擾)需要Cascade復合物和Cas3解旋酶/核酸酶。在這里,研究者提出了Thermobifida fusca(Tfu)引物采集復合物(PAC)的單分子表征。研究表明,TfuCascade通過促進一維擴散快速取樣非特異性DNA。?Cas3在靶標結合的Cascade上加載,而Cascade / Cas3復合物通過環狀DNA中間體轉運。?Cascade / Cas3復合物在不同的蛋白質路障中停滯,導致在失速位置發生雙鏈斷裂。相比之下,Cas1-Cas2通過3D碰撞瞬時對DNA進行采樣。此外,Cas1-Cas2與Cascade結合并與Cascade / Cas3易位,形成PAC。?PAC可以取代不同的蛋白質障礙,這表明了遠程間隔物獲取的機制。這項工作為基于CRISPR的適應性免疫的協調步驟提供了分子基礎。

 

CRISPR-Cas,復合物單分子

 

Figure 2 Graphical Abstract.

From Cell,Assembly and Translocation of a CRISPR-Cas Primed Acquisition Complex.

DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.09.039

 

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